Съдържание
Lise е гръцка дума и означава просто „да разделяш“ или „да разлагаш“. Това е добро описание на реакцията, която протича с клетки в лизисен буфер, разтвор, който ги разгражда, за да извлече съдържанието им. Учените използват тези разтвори за извличане на ДНК или протеини при клетъчен анализ, особено в случай на бактерии. Типът буфер за клетъчен лизис варира в зависимост от вида на експеримента, но ще споменем някои общи избори.
Буфер и сол
Буферните разтвори стабилизират рН, докато клетките се подлагат на лизисен процес. Трис-HCL разтворът е най-често срещаният буфер за буфериране при рН 8, ако рН е желано. HEPES е друго често срещано буферно решение в тези експерименти. Натриев хлорид може също да се добави за увеличаване на йонната сила, общата концентрация на разтворените вещества извън клетките. Последното е важно, тъй като водата може да се разпространи във всички клетъчни мембрани, от региони с ниска концентрация на разтворено вещество до тези с висока концентрация.
Перилен препарат
Детергентът е основната съставка, която разтваря клетъчната мембрана, за да може съдържанието да излезе. Детергентите са амфипатни молекули, т.е. с единия край, който лесно взаимодейства с молекулите на водата, докато другият хидрофобен край или "който се страхува от водата" не прави това взаимодействие. Те могат да разтварят мазнини, като образуват мицели, малки групи, в които хидрофобните опашки на молекулите на детергента сочат навътре към молекулите на мазнините. Общите детергенти са натриев додецил сулфат или SDS, NP-40 и tritonX.
Хелатиращи агенти и инхибитори
Лизисните буфери обикновено съдържат също хелатообразуващи агенти като етилендиаминтетраоцетна киселина (EDTA) или ретиленгликол тетраоцетна киселина (EGTA). Тези химикали се свързват с метални йони с +2 заряд (например магнезий и калций), като по този начин ги правят недостъпни за други реакции. Много ДНКази (протеини, които дъвчат ДНК) и протеази (протеини, които режат други протеини) се нуждаят от магнезиеви йони, за да работят, така че като ги лишават от тази основна съставка, EDTA и EGTA, те спомагат за намаляване на нивото на протеаза или на ДНКазна активност. Те обаче не ги изключват напълно, а някои протеази не зависят от магнезиевите кофактори, така че лизисните буфери понякога съдържат и вещества, наречени протеазни инхибитори, които се свързват с него и му пречат да работи правилно.
Алкален лизис
Алкалната лиза е много разпространена техника за пречистване на плазмидите от бактерии. Този метод предполага използването на три решения. Първият съдържа глюкоза, трис-HCL буфер, EDTA и РНКази. Глюкозата създава висока концентрация на разтворено вещество извън бактериите, така че те да станат леко отпуснати, улеснявайки процеса на лизис. EDTA и tris-HCL работят, както е описано по-горе, докато RNAse ще дъвче всяка РНК вътре в клетката, за да я отстрани. Второто решение ефективно прави клетъчен лизис. Той съдържа детергент SDS и NaOH, който повишава рН до 12 или по-високо, денатурира протеините вътре в клетката и кара ДНК да се отдели на прости нишки. Третият разтвор съдържа калиев ацетат за възстановяване на рН до по-неутрално ниво, така че плазмидните ДНК вериги да могат да се съберат. Междувременно денатурираните протеини се обединяват и се утаяват, докато додецилсулфатните йони се свързват с калиевите йони, образувайки неразтворимо съединение, което също може да се утаи от разтвора.